【注意喚起】賃金引上げ特例は本当に危険な枠です

このページは どの補助金を使うべきか の一部です。

持続化補助金の賃金引上げ特例は、補助上限が150万円上がる一方で、第20回から判定のしかたが大きく変わりました。上乗せ額に見合わないリスクを負う、本当に危険な枠になったと考えています。この記事では、何が変わったのかを公募要領にもとづいて整理し、他の補助金の賃上げ要件とも比べます。

この記事でわかること

• 第19回までと第20回で、賃金引上げ特例の何が変わったか
• 特例をお勧めしないと考える6つの理由
• 新事業進出・ものづくり、省力化投資、デジタル化・AI導入の賃上げ要件と、未達のときの扱い
• 「それでも使いたい」と言われる理由への考え方と、外部コンサルタントに任せる危うさ、筆者の見通し

1. 賃金引上げ特例は、何が厳しくなったのですか？

第19回までは、事業所でいちばん低い時給を50円上げれば足りる要件でした。第20回からは、従業員1人あたりの給与支給総額を、1年分で比べて3.0%以上伸ばす要件に変わっています。

項目	第19回まで	第20回
見るもの	事業場内最低賃金（最も低い1人の時給）	従業員1人あたりの給与支給総額
求める水準	申請時より＋50円以上	前年同月の12か月と比べて年平均3.0%以上
比べる期間	申請時と補助事業の終了時点	2026年4月〜2027年3月と、2027年4月〜2028年3月
提出する賃金台帳	直近1か月分	連続12か月分（交付決定までと実績報告時の2回）
補助事業の終了日	自社で決める	2028年3月31日に固定
未達のとき	補助金全体が不交付	補助金全体が不交付

給与支給総額には、給料・賃金・残業代・賞与が含まれます。福利厚生費・法定福利費・退職金は含まれません。比べる対象は、それぞれの12か月の全月に給与を受け取った従業員です。中途採用や退職で欠けた月がある人は、その期間の計算から外れます。

事務局が2026年10月22日に公開した判定シートの操作マニュアルでも、従前の特例・加点に比べて複雑になったと説明されています。同じ日のうちに判定シートとマニュアルが差し替えられていますので、それより前に取得したものは使わないでください。

あわせて、加点の「賃金引上げ加点」も、事業場内最低賃金＋30円から、1人あたり給与支給総額の年平均2.0%に変わりました。計算方法の詳細は「持続化補助金 賃金引上げ特例の新要件：年平均3%の計算方法」で解説しています。

2. なぜリスクが高いと考えるのですか？

理由は6つあります。いずれも第20回の公募要領と「申請時によくあるご質問」に書かれている内容で、筆者の推測を含めていません。

① 未達なら、補助金が1円も出ません

賃金引上げ特例を選んで要件を満たせなかった場合、上乗せの150万円分だけでなく、補助金全体が交付されません。補助金は精算払いですので、その時点で経費の全額をすでに支払い終えています。

例	補助対象経費	予定の補助金	未達のときの補助金	自社の負担
特例なし	75万円	50万円	—	25万円
賃金引上げ特例	300万円	200万円	0円	300万円

※ 補助率2/3の場合。特例なしでは、賃上げの未達で補助金が止まることはありません。

300万円の投資のうち200万円を補助金で埋める計画は、達成できなければ全額を自社で負担する計画に変わります。この落差の大きさが、特例をお勧めしない最大の理由と考えています。

② 判定は1年以上先で、入金はさらにその後です

第20回の採択発表は2027年3月ごろの予定です。賃上げを判定するのは2027年4月から2028年3月までの12か月で、特例を選ぶと補助事業の終了日は2028年3月31日に固定されます。

よくあるご質問（A6-1）では、補助事業を早く終えても、2028年3月31日より前に実績報告はできないとされています。実績報告書の提出期限は2028年4月10日ですので、入金はそれ以降になります。設備や広告の支払いを2027年に済ませた場合、1年以上は立て替えたままになると見込んでいます。

申請から入金まで、少なくとも1年4か月かかる計算です。2028年3月31日を過ぎないと補助金が出ないという一点だけでも、小規模事業者にとっては非常にハードルの高い制度と考えています。

③ 人数が少ないほど、数字が大きくぶれます

1人あたりの平均で見るため、従業員が2〜3人の事業者では、1人の動きが結果を左右します。たとえば、給与の高いベテランが辞めて若手に入れ替わると、全員の時給を上げていても平均は下がることがあります。

賞与を減らした年、残業が減った年、パートの勤務時間を見直した年も、給与支給総額は下がります。算定の対象になる従業員がいなくなった月が出ると、計算そのものができず、補助金は交付されません。

④ 申請時には、まだ起きていない給与で判定するしかありません

申請の締切は2026年12月15日ですが、判定に使う期間は2026年4月から2028年3月までの2年分です。操作マニュアルでも、まだ支払っていない期間は予測値を入れて判定するよう案内されています。

申請の時点で「達成できる」と確かめられるのは、予測の上だけです。1年半後の人員と業績を約束する申請になる点を、先に理解しておく必要があると考えています。

⑤ 未達はその後18か月、他の補助金でも大幅に減点されます

賃金引上げ特例か賃金引上げ加点で採択され、要件を達成できなかった場合は、未達を報告してから18か月の間、中小企業庁が所管する補助金で大幅に減点されます。公募要領（第8版 P.42）には、ものづくり補助金、IT導入補助金、持続化補助金、事業承継・M&A補助金、事業再構築補助金（省力化投資補助事業を含む）、成長加速化補助金、新事業進出補助金等が挙げられています。

減点が免除されるのは、災害で事業に大きな損失が出た場合等に限られます。1つの補助金の未達が、次に使いたかった補助金にまで響く仕組みです。数年先まで補助金の活用を考えている事業者ほど、この影響を重く見るべきと考えています。

⑥ 赤字事業者の補助率3/4は、条件の重さと引き換えです

直近の課税所得がゼロ以下の事業者は、特例を選ぶと補助率が2/3から3/4に上がり、加点も付きます。条件は同じで、赤字のまま1人あたりの給与を年3.0%以上伸ばす必要があります。

業績が戻らないまま人件費を増やすことになりますので、補助率の上乗せよりも資金繰りへの影響を先に見ていただきたいと考えています。

3. 他の補助金の賃上げ要件はどうなっていますか？

2024年以降、多くの補助金に賃上げの要件が付いています。数字だけを見ると、持続化補助金の3.0%より他の制度の3.5%の方が重く見えます。違うのは、未達のときの扱いです。

制度（確認した公募回）	求められる賃上げ	判定の期間	未達のとき
持続化補助金 賃金引上げ特例（第20回）	1人あたり給与支給総額 年平均3.0%以上	2027年4月〜2028年3月の1年	補助金全体が不交付
持続化補助金 賃金引上げ加点（第20回）	同 年平均2.0%以上	同上	補助金が不交付
新事業進出・ものづくり商業サービス補助金（第1回）	同 年平均3.5%以上＋事業場内最低賃金が地域別最低賃金＋30円以上	補助事業終了後3〜5年	未達の割合に応じて返還。伸びがゼロ以下なら全額返還
中小企業省力化投資補助金 一般型（第8回）	同 年平均3.5%以上＋事業場内最低賃金＋30円以上	補助事業終了後3〜5年	達成率に応じて返還。伸びがゼロ以下なら全額返還
中小企業省力化投資補助金 カタログ注文型	上限を引き上げる場合のみ、給与支給総額＋6.0%以上と事業場内最低賃金＋3.0%以上	補助事業の終了時点	引き上げなかった場合の補助額まで減額
デジタル化・AI導入補助金2026 通常枠	150万円以上の申請で、1人あたり給与支給総額 年平均3.0%以上＋事業場内最低賃金＋30円以上	3年	最低賃金の未達は年度に応じて全額〜1/3を返還。給与の未達は全額返還の場合あり
事業承継・M&A補助金	要件なし（実施すれば上限が上がる）	—	—

※ 新事業進出・ものづくり商業サービス補助金と省力化投資補助金一般型には、上限を引き上げる賃上げ特例（年平均6.0%以上・地域別最低賃金＋50円以上）もあり、未達なら引き上げ分の全額を返還します。
※ デジタル化・AI導入補助金で、IT導入補助金2022〜2025の交付決定を受けたことがある事業者は、150万円未満の申請でも年平均3.5%以上の要件が付きます。

持続化の特例だけ「最初から出ない」仕組みです

他の制度は、補助金をいったん受け取り、その後の数年間で達成状況を確認して、足りない割合に応じて返す仕組みです。付加価値額が増えずに営業赤字が続いた場合や、天災等の場合は、返還を求めないとする規定もあります。

持続化補助金の賃金引上げ特例は、実績報告の時点で未達なら、補助金そのものが交付されません。未達の割合に応じて一部を払う規定や、業績悪化を理由に交付する規定は、第20回の公募要領では確認できていません。上乗せ額は150万円と小さい一方で、失うものは補助金の全額になります。

事業承継・M&A補助金のように、賃上げを選ばなくても使える制度もあります。代替わりを控えている事業者には、こちらの方が合う場合が多いと考えています。詳しくは「事業承継・M&A補助金と持続化補助金の違い」をご覧ください。

4. 「それでも使いたい」という理由は、決め手になりますか？

制度としては、要件を満たせる事業者が特例を使うことは認められています。ここからは筆者の方針です。窓口で特例を使いたい理由として挙がるものを4つ取り上げますが、いずれも特例を使う決め手にはならないと考えています。

よく挙がる理由	筆者の考え
家族と従業員が中心なので、賃金はある程度動かせる	一般に、一度上げた賃金を後から下げることはできません。賃上げの影響は判定の1年で終わらず、翌年以降の人件費にも続きます。また、代表者・役員・専従者は算定の対象に入りません
従業員を増やせば、1人あたりの給与も上げやすい	商業・サービス業（宿泊業・娯楽業を除く）は、常時使用する従業員が5人以下でなければ小規模事業者に当たりません。新しく雇った人も、12か月すべての給与がそろうまでは算定に入りません
補助金がゼロになっても、資金繰りは回る	それだけ余裕があるなら、補助金を使わずに投資する判断もできます。2028年3月まで賃上げの約束に縛られる理由は小さいと考えています
200万円規模の投資が、どうしても必要である	ものづくり補助金、省力化投資補助金（カタログ注文型）、デジタル化・AI導入補助金等、投資の規模と中身に合った制度を先に比べる余地があります

そのため、特例を付けずに50万円の範囲で計画を組むか、投資の規模に合った別の制度を選ぶことをお勧めしています。投資額から制度を選ぶ考え方は「どの補助金を使うべきか」で整理しています。

外部のコンサルタントに任せて特例を申請するのは、もってのほかです

申請書づくりを外部のコンサルタントに任せ、「賃金引上げ特例を付ければ上限が200万円になります」と勧められて申請する例があります。これは絶対に避けていただきたいと考えています。

コンサルタントが関わるのは、多くの場合、申請から採択までです。採択後の賃上げ、従業員への表明、12か月分の賃金台帳の準備、2028年4月の実績報告までを引き受けてくれるわけではありません。上げた給与を払い続けるのも、未達で補助金が1円も出なくなるのも、その後18か月の減点を受けるのも、すべて事業者自身です。

公募要領では、商工会・商工会議所以外の第三者から支援を受けた場合、報酬の有無にかかわらず、相手方と金額（着手金・成功報酬等）を申請時に記載することになっています。記載がなければ虚偽の報告として不採択・交付決定の取消となり、事務局が支援者にヒアリングや現地調査を行う場合もあります。GビズIDのアカウントとパスワードを第三者に教えることも、利用規約に反します。

外部の支援者から特例を勧められた場合は、採択後の賃上げと2028年の実績報告まで責任を持って関わるのかを、契約の前に確かめてください。様式4を発行し、採択後の手続きまで見てくれるのは地元の商工会・商工会議所ですので、まずはそちらにご相談いただくことをお勧めしています。

この特例は、ほとんど使われなくなると見込んでいます

ここまでの理由から、筆者は、第20回の賃金引上げ特例を実際に使える小規模事業者は限られ、今後ほとんど利用されなくなる可能性が高いと見込んでいます。1年分の給与で判定され、未達なら全額が出ず、入金は2028年4月以降という条件は、上乗せの150万円に対して重すぎるためです。

あくまで筆者の見通しであり、事務局や中小企業庁の見解ではありません。今後の公募で要件が見直された場合は、この記事も改めます。

5. どうしても申請する場合は、何を確かめればよいですか？

3%の賃上げで、人件費は毎年いくら増えますか？

まず確かめていただきたいのは、3%の賃上げが自社の人件費をどれだけ押し上げるかです。一般に、一度上げた賃金は後から下げることができません。判定の1年が終わっても、上げた分の人件費は翌年以降も毎年かかり続けます。

従業員1人あたりの年間給与を300万円として試算すると、次のようになります。

従業員数	年間の給与支給総額	3%上げた場合の増加額（年）	社会保険料の会社負担を含む増加額（年）	5年間の累計
3人	900万円	27万円	約31万円	約155万円
5人	1,500万円	45万円	約52万円	約259万円

※ 社会保険料（健康保険・厚生年金・雇用保険等）の会社負担を、給与の約15%と仮定した試算です。実際の料率は加入している保険や地域で変わります。
※ 3%を1回だけ上げ、その後は据え置いた場合の数字です。毎年の昇給や最低賃金の改定が重なれば、負担はさらに増えます。

従業員3人の事業者でも、5年間で増える人件費は約155万円となり、上乗せされる補助金の150万円を上回ります。150万円の上乗せを受けるには225万円の経費を使う必要がある点も含めると、補助金の上乗せが人件費の増加で消えてしまう計算です。賃上げそのものは大切な経営判断ですが、補助金の上乗せを理由に決めるものではないと考えています。

申請前のチェックリスト

特例や加点を選ぶ場合は、申請の前に次の点を確かめてください。

• 3%上げた後の人件費を、5年分の資金繰りに織り込んでも経営が成り立つ
• 判定シートと操作マニュアルは、2026年10月22日の差し替え後の版を使う
• 2026年4月以降の賃金台帳を、全従業員分そろえておく
• 採択後、交付決定までに全従業員か従業員代表者へ賃上げを表明し、その方法を記録に残す
• 退職者が出た場合と賞与を減らした場合の数字を、判定シートで試しておく
• 2028年4月以降の入金を前提にした資金繰り表を作る

6. よくある質問（FAQ）

Q. 未達のときは、上乗せの150万円分だけ返せばよいのですか？
上乗せ分だけでは済みません。賃金引上げ特例の要件を満たせなかった場合、特例による上乗せ部分だけでなく、補助金全体が交付されません。第20回の公募要領とよくあるご質問の両方に記載されています。

Q. 賃金引上げ加点だけなら、リスクはありませんか？
加点にも同じリスクがあります。賃金引上げ加点で採択され、年平均2.0%を達成できなかった場合も、交付決定後であっても補助金は交付されません。未達を報告してから18か月の減点も同じです。

Q. 補助事業を早く終えれば、早く入金されますか？
賃金引上げ特例か賃金引上げ加点を選んだ場合は、早く入金されません。補助事業の終了日が2028年3月31日に固定され、それより前には実績報告ができないためです。

Q. コンサルタントに申請を任せれば、賃上げ特例も安心ですか？
安心ではありません。コンサルタントが関わるのは多くの場合、申請から採択までで、採択後の賃上げと2028年4月の実績報告は事業者自身が行います。未達で補助金が出なくなるのも、減点を受けるのも事業者です。第三者の支援を受けた場合は、相手方と報酬の金額を申請時に記載する必要もあります。

Q. 他の補助金の方が、賃上げの条件は緩いのですか？
数字だけなら、持続化補助金の3.0%の方が低い水準です。他の制度は3.5%以上を3〜5年続ける必要があり、期間も長くなります。違うのは未達のときの扱いで、他の制度は未達の割合に応じた返還、持続化補助金の特例は補助金全体の不交付です。

7. まとめ

• 賃金引上げ特例は、第20回から「最も低い時給＋50円」が「1人あたり給与支給総額の年平均3.0%」に変わりました
• 判定は2027年4月から2028年3月までの1年分で、補助事業の終了日は2028年3月31日に固定されます
• 未達なら補助金全体が交付されず、18か月の間、他の補助金でも大幅に減点されます
• 他の補助金の賃上げ要件は未達の割合に応じた返還で、持続化の特例だけが「最初から出ない」仕組みです
• 3%上げた人件費は戻せず、従業員3人でも5年間で約155万円増えて、上乗せの150万円を上回ります
• 外部のコンサルタントは採択後の賃上げまで関わりません。任せて特例を申請するのはもってのほかです
• 当サイトでは、特例を付けない計画か、投資の規模に合った別の制度をお勧めしています
• 筆者は、この特例はハードルが高すぎて、ほとんど使われなくなる可能性が高いと見込んでいます

参考（一次情報）
・小規模事業者持続化補助金〈一般型・通常枠〉第20回 公募要領（第8版・2026年7月21日改版）、申請時によくあるご質問、賃金引上げ特例・加点 要件達成判定シート操作マニュアル（2026年10月22日）：商工会地区 https://official.jizokukanb.com/ ／商工会議所地区 https://r6.jizokukahojokin.info/
・新事業進出・ものづくり商業サービス補助金 公募要領（第1回・1.3版・2026年9月）：https://shinjigyou-monodukuri.smrj.go.jp/
・中小企業省力化投資補助事業 一般型 公募要領（第8回）・カタログ注文型 公募要領：https://shoryokuka.smrj.go.jp/
・デジタル化・AI導入補助金2026 公募要領（通常枠）：https://it-shien.smrj.go.jp/
・（2026年10月22日に確認）